Le point épidémiologique au 10 mai

Bulletin épidémiologique – Semaine 18

Du 03 au 09 Mai 2021

Résumé de la situation actuelle:

  • La situation hospitalière continue sa décrue. Au 09/05, les hospitalisations en cours s’élèvent à 25 797 (-10,5% par rapport au 02/05). Les soins critiques en cours descendent sous les 5 000 et s’élèvent à 4 971 (-11,0% par rapport au 02/05). Ces niveaux restent élevés et les soins critiques en cours baissent à un rythme plus lent que lors de la décrue de novembre dernier (-6,6% vs -8,0% pour la 1e semaine de baisse, -11,0% vs -16,6% pour la 2e). La baisse des nouvelles admissions à l’hôpital et en soins critiques est plus prononcée que la semaine précédente.
  • 1 579 nouveaux décès ont été enregistrés sur la semaine. Les nouveaux décès en EHPAD sont en léger recul mais restent autour de 40. Plus de 106 000 décès attribués à la Covid-19 ont été recensés à l’hôpital et en EHPAD.
  • Le niveau global de circulation virale détecté continue d’être en baisse. Le taux d’incidence en semaine glissante au 06/05 est de 192, et le taux de positivité s’élève à 5,8%. Ils sont redescendus au niveau de la mi-février. Le taux de positivité est de nouveau artificiellement réduit chez les 0-9 ans, et dans une moindre mesure chez les 10-19 ans, par la reprise des tests non ciblés dans le milieu scolaire. La septaine sur laquelle sont calculés ces indicateurs compte par ailleurs un jour férié, ce qui entraîne a contrario une réduction du nombre de tests.
  • Chez les plus jeunes en semaine 17, l’incidence continue d’augmenter chez les 3-5 ans dans la majorité des régions.
  • Au 06/05, 24 départements ont une incidence sur 7 jours supérieure à 200, 4 supérieure à 300, et 0 supérieure à 400.
  • Au cours de la semaine, 1 910 292 personnes ont reçu au moins une première dose de vaccin, soit 9,2% de plus que la semaine précédente. 1 371 851 ont été complètement vaccinées, soit 3,6% de plus que la semaine précédente.
  • Depuis le début de la vaccination, 26,4% de la population ont reçu au moins une dose et 12,2% ont été complètement vaccinés. 76,2% des 70 ans et plus ont reçu au moins une dose, 51,3% sont complètement vaccinés. 31,9% des 60 ans et plus ne sont pas du tout vaccinés.
  • Au niveau national, le variant dit britannique du SARS-CoV-2 est encore en léger recul et descend sous les 80%, à 79,7% des tests positifs criblés. Les variants dit sud-africain et brésilien continuent d’augmenter, à 5,6%La part de variants indéterminés est en progression continue depuis fin avril, à 11,3%, et est supérieure à 20% dans 6 départements dont 2 en Outre-mer. La part des tests positifs criblés s’élève à 54,5%.
Le nombre des nouvelles admissions à l’hôpital est en baisse pour la 4e semaine consécutive, à un rythme croissant (-25,0%), et est désormais inférieur à 9 000 en 7 jours, ce qui n’avait plus été le cas depuis la mi-décembre. Les nouvelles admissions en soins critiques sont en baisse pour la 2e semaine consécutive (-23,6%), et sont descendues en-dessous des 2 000. Le niveau des hospitalisations en cours continue de régresser et revient à celui de la 3e semaine de mars, à un peu moins de 26 000. Le niveau des soins critiques en cours reste élevé, mais régresse à un peu moins de 5 000, soit sensiblement le niveau haut de la 2e vague. La part des soins critiques en cours sur les hospitalisations en cours reste en revanche stable à 19,3%.
La baisse des hospitalisations en cours s’observe désormais dans toutes les tranches d’âges, à l’exception notable des 0-9 ans et des 10-19 ans. Elles sont au contraire en tendance haussière chez les 0-9 ans, et sont sensiblement à leur plus haut niveau depuis le début de la pandémie chez les 10-19 ans. Les soins critiques en cours sont en baisse dans toutes les tranches d’âges, à l’exception également notable des 0-9 ans, 10-19 ans, 20-29 ans et les 90 ans et plus. Parmi les 0-29 ans, et tout en concernant des effectifs beaucoup plus faibles que dans la plupart des autres tranches d’âges, elles sont en tendance haussière par palier depuis courant avril.
Sur les 7 derniers jours disponibles (J-3), le nombre de personnes testées est supérieur d’un peu de 133 000 à celui des 7 jours précédents, alors qu’il comprend un jour férié. Une très nette hausse des tests est observée depuis la réouverture des écoles maternelles et du primaire chez les 0-9 ans et, dans une moindre mesure, chez les 10-19 ans depuis la réouverture des collèges et lycées, corrélée à une très forte baisse artificielle du taux de positivité. Du fait de ces réouvertures, le profil des personnes testées redevient en effet plus large et moins ciblé sur les personnes symptomatiques et cas contacts. Le taux de positivité est par ailleurs en baisse dans toutes les tranches d’âges, sans hausse, cette fois, des tests, ce qui indique pour celles-ci une baisse non artificielle. Correction faite du jour férié (1er mai), le nombre de 0-9 ans positifs est en hausse depuis la reprise scolaire. Ces éléments indiquent une tendance à la reprise de la circulation virale chez les plus jeunes, alors qu’elle a régressé chez les autres tranches d’âges dans la suite de la fermeture des écoles, y compris parmi les tranches d’âges peu vaccinées.

L’incidence est en baisse dans toutes les classes d’âges. Elle varie toutefois peu chez les 0-9 ans. Elle est désormais inférieure à 100 chez les 70-89 ans. Elle est supérieure à 200 chez les 10-49 ans. Plus aucun département n’affiche d’incidence supérieur à 400. 4 départements sont encore au-dessus de 300 : la Seine-Saint-Denis, le Val-d’Oise, le Val-de-Marne et l’Essonne. 23 départements en métropole et 1 en Outre-mer ont une incidence supérieure ou égale à 200. Le nombre de personnes testées positives est en baisse dans tous les départements à l’exception du Gers, de la Guyane et de la Réunion.

Parmi les 3-17 ans en semaine 17 (dernière semaine disponible), plus la tranche d’âges augmente, plus l’incidence est élevée. Parmi les 3-5 ans, l’incidence augmente dans 7 régions, et pour la 2e semaine consécutive en Normandie (140), Île-de-France (122), Auvergne-Rhône-Alpes (100), Occitanie (73), et Nouvelle-Aquitaine (67). Elle est la plus élevée dans les Hauts-de-France (142). Parmi les 6-10 ans, l’incidence est globalement en baisse, sauf dans 2 régions où elle est réorientée à la hausse : Hauts-de-France (265) et Normandie (207). Elle est supérieure à 200 dans 3 autres régions : Île-de-France (246), Auvergne-Rhône-Alpes (205) et Grand-Est (203). Au niveau départemental, l’incidence parmi les 3-5 ans est la plus élevée dans la Sarthe, le Val-de-Marne et la Somme (174). Parmi les 6-10 ans, elle est la plus élevée dans les Ardennes (296) et dans le Rhône (294).

Concernant les 11-14 ans, l’incidence est en diminution dans toutes les régions, y compris en Normandie, où elle était en augmentation la semaine précédente. Elle est supérieure à 400 en Haute-Loire et sur le Territoire de Belfort. Elle est supérieure à 300 dans 12 départements au total. La tranche d’âges des 15-17 ans est en baisse dans toutes les régions, à l’exception de la Corse, où elle augmente pour la 2e semaine consécutive (298). Au niveau départemental, l’incidence dépasse les 600 sur le Territoire de Belfort, et les 400 dans les Pyrénées-Orientales (420), à Paris (418), et dans le Val-de-Marne (407).

Au niveau national, la part du variant dit britannique parmi les tests positifs criblés continue de reculer et descend en dessous des 80%, à 79,7% sur 7 jours (à J-3). La part des variants dit sud-africain et brésilien continue d’augmenter, à 5,6%. En Île-de-France, à l’exception des Yvelines, le taux de ces variants continue de croître. Il est désormais compris entre 12% et 15% dans Paris et la petite couronne. Il est également supérieur à 10% dans 6 autres départements de la métropole, en recul dans certains, en hausse dans d’autres. Il est aussi en hausse en Guyane, à Mayotte et à la Réunion. Par ailleurs, la part des tests criblés rapportant des variants indéterminés progresse depuis la fin avril, et a franchi le seuil des 10% cette semaine, pour atteindre désormais 11,3%. Les résultats de ces criblages ne permettent pas de distinguer un variant spécifique. Il peut s’agir de variants britannique, sud-africain et brésilien mal identifiés, comme de variants non encore criblables, comme le variant indien.

Le nombre de personnes ayant reçu au moins une 1e dose lors de la semaine s’élève à un peu plus de 1,9 million, soit près de 200 000 de plus que la semaine précédente. 1,371 million de personnes ont été complètement vaccinées, soit 40 000 de plus que la semaine précédente. Ce rythme de progression est ralenti par rapport à la semaine 17. Si 12,2% de la population sont complètement vaccinés, près de 74% ne le sont pas du tout, dont 66,8% des 50-59 ans et 41,9% des 60-69 ans. En revanche, 72,5% des 80 ans et plus sont en partie ou totalement vaccinés, ce qui conduit à la baisse significative du nombre d’hospitalisations en cours et de décès hospitaliers dans cette tranche d’âges.

Bulletin épidémiologique – Semaine 18

Du 03 au 09 Mai 2021

Résumé de la situation actuelle:

  • La situation hospitalière continue sa décrue. Au 09/05, les hospitalisations en cours s’élèvent à 25 797 (-10,5% par rapport au 02/05). Les soins critiques en cours descendent sous les 5 000 et s’élèvent à 4 971 (-11,0% par rapport au 02/05). Ces niveaux restent élevés et les soins critiques en cours baissent à un rythme plus lent que lors de la décrue de novembre dernier (-6,6% vs -8,0% pour la 1e semaine de baisse, -11,0% vs -16,6% pour la 2e). La baisse des nouvelles admissions à l’hôpital et en soins critiques est plus prononcée que la semaine précédente.
  • 1 579 nouveaux décès ont été enregistrés sur la semaine. Les nouveaux décès en EHPAD sont en léger recul mais restent autour de 40. Plus de 106 000 décès attribués à la Covid-19 ont été recensés à l’hôpital et en EHPAD.
  • Le niveau global de circulation virale détecté continue d’être en baisse. Le taux d’incidence en semaine glissante au 06/05 est de 192, et le taux de positivité s’élève à 5,8%. Ils sont redescendus au niveau de la mi-février. Le taux de positivité est de nouveau artificiellement réduit chez les 0-9 ans, et dans une moindre mesure chez les 10-19 ans, par la reprise des tests non ciblés dans le milieu scolaire. La septaine sur laquelle sont calculés ces indicateurs compte par ailleurs un jour férié, ce qui entraîne a contrario une réduction du nombre de tests.
  • Chez les plus jeunes en semaine 17, l’incidence continue d’augmenter chez les 3-5 ans dans la majorité des régions.
  • Au 06/05, 24 départements ont une incidence sur 7 jours supérieure à 200, 4 supérieure à 300, et 0 supérieure à 400.
  • Au cours de la semaine, 1 910 292 personnes ont reçu au moins une première dose de vaccin, soit 9,2% de plus que la semaine précédente. 1 371 851 ont été complètement vaccinées, soit 3,6% de plus que la semaine précédente.
  • Depuis le début de la vaccination, 26,4% de la population ont reçu au moins une dose et 12,2% ont été complètement vaccinés. 76,2% des 70 ans et plus ont reçu au moins une dose, 51,3% sont complètement vaccinés. 31,9% des 60 ans et plus ne sont pas du tout vaccinés.
  • Au niveau national, le variant dit britannique du SARS-CoV-2 est encore en léger recul et descend sous les 80%, à 79,7% des tests positifs criblés. Les variants dit sud-africain et brésilien continuent d’augmenter, à 5,6%La part de variants indéterminés est en progression continue depuis fin avril, à 11,3%, et est supérieure à 20% dans 6 départements dont 2 en Outre-mer. La part des tests positifs criblés s’élève à 54,5%.
Le nombre des nouvelles admissions à l’hôpital est en baisse pour la 4e semaine consécutive, à un rythme croissant (-25,0%), et est désormais inférieur à 9 000 en 7 jours, ce qui n’avait plus été le cas depuis la mi-décembre. Les nouvelles admissions en soins critiques sont en baisse pour la 2e semaine consécutive (-23,6%), et sont descendues en-dessous des 2 000. Le niveau des hospitalisations en cours continue de régresser et revient à celui de la 3e semaine de mars, à un peu moins de 26 000. Le niveau des soins critiques en cours reste élevé, mais régresse à un peu moins de 5 000, soit sensiblement le niveau haut de la 2e vague. La part des soins critiques en cours sur les hospitalisations en cours reste en revanche stable à 19,3%.
La baisse des hospitalisations en cours s’observe désormais dans toutes les tranches d’âges, à l’exception notable des 0-9 ans et des 10-19 ans. Elles sont au contraire en tendance haussière chez les 0-9 ans, et sont sensiblement à leur plus haut niveau depuis le début de la pandémie chez les 10-19 ans. Les soins critiques en cours sont en baisse dans toutes les tranches d’âges, à l’exception également notable des 0-9 ans, 10-19 ans, 20-29 ans et les 90 ans et plus. Parmi les 0-29 ans, et tout en concernant des effectifs beaucoup plus faibles que dans la plupart des autres tranches d’âges, elles sont en tendance haussière par palier depuis courant avril.
Sur les 7 derniers jours disponibles (J-3), le nombre de personnes testées est supérieur d’un peu de 133 000 à celui des 7 jours précédents, alors qu’il comprend un jour férié. Une très nette hausse des tests est observée depuis la réouverture des écoles maternelles et du primaire chez les 0-9 ans et, dans une moindre mesure, chez les 10-19 ans depuis la réouverture des collèges et lycées, corrélée à une très forte baisse artificielle du taux de positivité. Du fait de ces réouvertures, le profil des personnes testées redevient en effet plus large et moins ciblé sur les personnes symptomatiques et cas contacts. Le taux de positivité est par ailleurs en baisse dans toutes les tranches d’âges, sans hausse, cette fois, des tests, ce qui indique pour celles-ci une baisse non artificielle. Correction faite du jour férié (1er mai), le nombre de 0-9 ans positifs est en hausse depuis la reprise scolaire. Ces éléments indiquent une tendance à la reprise de la circulation virale chez les plus jeunes, alors qu’elle a régressé chez les autres tranches d’âges dans la suite de la fermeture des écoles, y compris parmi les tranches d’âges peu vaccinées.

L’incidence est en baisse dans toutes les classes d’âges. Elle varie toutefois peu chez les 0-9 ans. Elle est désormais inférieure à 100 chez les 70-89 ans. Elle est supérieure à 200 chez les 10-49 ans. Plus aucun département n’affiche d’incidence supérieur à 400. 4 départements sont encore au-dessus de 300 : la Seine-Saint-Denis, le Val-d’Oise, le Val-de-Marne et l’Essonne. 23 départements en métropole et 1 en Outre-mer ont une incidence supérieure ou égale à 200. Le nombre de personnes testées positives est en baisse dans tous les départements à l’exception du Gers, de la Guyane et de la Réunion.

Parmi les 3-17 ans en semaine 17 (dernière semaine disponible), plus la tranche d’âges augmente, plus l’incidence est élevée. Parmi les 3-5 ans, l’incidence augmente dans 7 régions, et pour la 2e semaine consécutive en Normandie (140), Île-de-France (122), Auvergne-Rhône-Alpes (100), Occitanie (73), et Nouvelle-Aquitaine (67). Elle est la plus élevée dans les Hauts-de-France (142). Parmi les 6-10 ans, l’incidence est globalement en baisse, sauf dans 2 régions où elle est réorientée à la hausse : Hauts-de-France (265) et Normandie (207). Elle est supérieure à 200 dans 3 autres régions : Île-de-France (246), Auvergne-Rhône-Alpes (205) et Grand-Est (203). Au niveau départemental, l’incidence parmi les 3-5 ans est la plus élevée dans la Sarthe, le Val-de-Marne et la Somme (174). Parmi les 6-10 ans, elle est la plus élevée dans les Ardennes (296) et dans le Rhône (294).

Concernant les 11-14 ans, l’incidence est en diminution dans toutes les régions, y compris en Normandie, où elle était en augmentation la semaine précédente. Elle est supérieure à 400 en Haute-Loire et sur le Territoire de Belfort. Elle est supérieure à 300 dans 12 départements au total. La tranche d’âges des 15-17 ans est en baisse dans toutes les régions, à l’exception de la Corse, où elle augmente pour la 2e semaine consécutive (298). Au niveau départemental, l’incidence dépasse les 600 sur le Territoire de Belfort, et les 400 dans les Pyrénées-Orientales (420), à Paris (418), et dans le Val-de-Marne (407).

Au niveau national, la part du variant dit britannique parmi les tests positifs criblés continue de reculer et descend en dessous des 80%, à 79,7% sur 7 jours (à J-3). La part des variants dit sud-africain et brésilien continue d’augmenter, à 5,6%. En Île-de-France, à l’exception des Yvelines, le taux de ces variants continue de croître. Il est désormais compris entre 12% et 15% dans Paris et la petite couronne. Il est également supérieur à 10% dans 6 autres départements de la métropole, en recul dans certains, en hausse dans d’autres. Il est aussi en hausse en Guyane, à Mayotte et à la Réunion. Par ailleurs, la part des tests criblés rapportant des variants indéterminés progresse depuis la fin avril, et a franchi le seuil des 10% cette semaine, pour atteindre désormais 11,3%. Les résultats de ces criblages ne permettent pas de distinguer un variant spécifique. Il peut s’agir de variants britannique, sud-africain et brésilien mal identifiés, comme de variants non encore criblables, comme le variant indien.

Le nombre de personnes ayant reçu au moins une 1e dose lors de la semaine s’élève à un peu plus de 1,9 million, soit près de 200 000 de plus que la semaine précédente. 1,371 million de personnes ont été complètement vaccinées, soit 40 000 de plus que la semaine précédente. Ce rythme de progression est ralenti par rapport à la semaine 17. Si 12,2% de la population sont complètement vaccinés, près de 74% ne le sont pas du tout, dont 66,8% des 50-59 ans et 41,9% des 60-69 ans. En revanche, 72,5% des 80 ans et plus sont en partie ou totalement vaccinés, ce qui conduit à la baisse significative du nombre d’hospitalisations en cours et de décès hospitaliers dans cette tranche d’âges.

Vaccins et Variants

Covid: Face aux variants, les labos cherchent la martingale

Les vaccins mis au point sur la base du génome du virus apparu en Chine vont perdre de leur efficacité avec les mutations du SARS-CoV-2. Ils doivent soit s’adapter au fil du temps, soit trouver une formule qui ne se périme pas ou pas trop vite.
Face aux variants, les laboratoires travaillent actuellement à adapter les vaccins existants et à mettre au point un vaccin universel.

Variant britannique, variant sud-africain, variant Henri-Mondor et californien , variant amazonien et désormais indien : la place du virus historique chinois, contre lequel ont été conçus les vaccins, se réduit comme peau de chagrin. En France, dans les régions les plus touchées, c’est maintenant le variant anglais qui domine, représentant jusqu’à 80 % des cas et il pourrait céder la place bientôt au variant brésilien. Avec comme conséquence une diminution, voire une disparition de l’immunité que procurent les vaccins . Pour les industriels du domaine, ce n’est pas une surprise. « Même si tous ne le font pas, c’est normal qu’un virus mute, explique Jamila Louahed, qui dirige la R & D vaccins de GSK. Les mutations qui le rendent plus infectieux et/ou qui lui apportent une meilleure protection sont sélectionnées ». Jusqu’à un point où il va trouve un équilibre avec son environnement. On évolue alors vers une forme endémique de la maladie.

Deux possibilités s’ouvrent aujourd’hui aux laboratoires pharmaceutiques, qui ne sont pas exclusives l’une de l’autre. La première consiste à adapter les vaccins existants grâce à la « mise à jour » régulière des antigènes . La première approche est celle retenue par exemple par Moderna. « Nous venons de débuter en avril, un essai clinique de phase II, qui explore trois hypothèses pour maintenir l’efficacité du vaccin initial dit, mRNA-1273, face au variant sud-africain, explique Stéphane Bancel, patron de Moderna. Nous avons mis au point un nouvel ARN qui en inclut certaines mutations », poursuit-il. Un tiers des participants à l’essai, qui inclut 60 personnes déjà vaccinées, va recevoir cette nouvelle version. Un autre tiers recevra une troisième dose de la version initiale. Enfin un dernier groupe recevra un mélange de la version initiale et de la nouvelle version. « Au stade préclinique, c’est cette dernière option qui avait donné les meilleurs résultats induisant des taux d’anticorps équivalents contre les deux variants du virus », observe le dirigeant. Sous réserve de confirmation lors de la phase II, c’est donc vers cette stratégie que Moderna s’oriente dans un premier temps.

Visualisation tridimensionnelle

Une autre façon de maintenir le niveau de protection des vaccins qui n’utilise pas la technologie ARN, consiste à ajouter un adjuvant pour augmenter l’immunité croisée, c’est-à-dire l’immunité suscitée par des antigènes plus faiblement reconnus mais qui sont communs aux différents variants. « On peut identifier ces antigènes grâce à la biologie structurale qui permet une visualisation tridimensionnelle du virus, et donc l’identification des régions les mieux conservées », explique Jamila Louahed. GSK, champion des adjuvants a ainsi passé des accords avec Sanofi (vaccin en phase II) mais aussi avec le canadien Medicago (phase III).

Privilégier les antigènes conservés quel que soit le variant pour produire un vaccin universel est la seconde option possible . Le vaccin de nouvelle génération, mRNA-1283, actuellement en phase I est une tentative dans cette direction. Au lieu de coder la protéine Spike entière, critique pour la neutralisation du virus, il est centré sur deux portions de celle-ci, , et devrait en outre pouvoir se conserver dans un simple réfrigérateur.

Le gros avantage, d ‘un vaccin universel, c’est qu’au lieu d’une adaptation après coup, il doit permettre d’anticiper les mutations . « Car il n’y a pas d’antigènes fixes à 100 % sur le SARS-CoV-2. Ce qu’on essaye de prédire c’est plutôt un degré de variabilité », explique Pascal Brandys, qui dirige Phylex Biosciences en Californie. « En faisant de la sélection in vitro du virus sur du sérum post-convalescent, on voit très bien où s’exerce la pression de sélection et donc quels sites du virus mutent le plus », poursuit-il. Si l’antigène n’est pas trop grand, on peut aussi étudier par combinatoire toutes les mutations possibles en un point. Mais si l’antigène est, comme dans les vaccins actuels, la protéine Spike entière, ce n’est pas possible.

Autres vaccins universels

Phylex a choisi, pour sa part, un antigène plus petit, dans une région clé du virus pour sa pénétration dans les cellules. Les recherches précliniques terminées, il faut maintenant produire les lots cliniques et c’est finalement une technologie d’ARN messager qui a été retenue. Et obtenir les autorisations pour commencer les essais chez l’Homme, au deuxième semestre en principe.

La société lyonnaise Osivax, a fait, elle, un autre choix : celui d’utiliser la protéine N qui protège le virus, bien qu’elle ne soit pas exempte de mutations. Mais elle ne participe pas à l’infection et ne suscite pas la production d’anticorps, s’appuyant uniquement sur la réponse immunitaire cellulaire.

Rappelons toutefois qu’il n’existe pas à ce jour de vaccin universel pour d’autres virus qui mutent rapidement comme celui de la grippe ou du sida. Les progrès en vaccinologie réalisés à l’occasion de cette pandémie le permettront-ils ? Les obstacles ne sont pas seulement technologiques. Le vaccin actuel contre la grippe n’offre pas une bonne protection mais il représente une source de revenus récurrents pour ceux qui le fabriquent. Pas sûr qu’ils aient vraiment intérêt à y renoncer pour un vaccin permanent. Quant au sida, s’il n’y a pas de vaccin du tout, les progrès des trithérapies, y compris à titre prophylactique, rendent son intérêt fait question, en tout cas d’un point de vue économique.

Catherine Ducruet dans les Echos, le 26 avril